Arrêts maladie : ce qui change en 2026 et leurs implications pour la paie et les RH

L’année 2026 s’annonce comme une année charnière pour la gestion des arrêts maladie dans les entreprises françaises. Entre nouvelles règles issues de la loi de financement de la Sécurité sociale (LFSS) et la revalorisation des paramètres de calcul des indemnités, les équipes RH et paie doivent déjà anticiper plusieurs évolutions importantes.

En 2026, l’indemnité journalière versée par l’Assurance maladie en cas d’arrêt maladie reste calculée selon les principes habituels :

•    50 % du salaire journalier de base, déterminé à partir de la moyenne des salaires bruts des trois mois qui précèdent l’arrêt.
• Le versement commence à partir du 4ᵉ jour d’arrêt, après une période de carence de trois jours.

Cependant, la revalorisation du SMIC au 1ᵉʳ janvier 2026 joue un rôle essentiel dans le calcul du plafond des indemnités. Le salaire retenu pour le calcul des IJSS ne peut pas dépasser 1,4 fois le SMIC mensuel, soit un montant de 2 552,24 € en 2026, ce qui limite le plafond des indemnités journalières à 41,95 € par jour.

Pour les services paie, cela implique une mise à jour des formules de calcul et des paramétrages des logiciels de paie afin de refléter ce plafond actualisé pour 2026.

La LFSS pour 2026 introduit pour la première fois un encadrement de la durée des arrêts maladie, avec des plafonds qui n’existaient pas auparavant :

• Durée maximale pour un arrêt initial : un décret à venir doit préciser ce plafond, mais il est envisagé de le fixer à 1 mois pour un premier arrêt de travail.
• Renouvellements : en cas de prolongation, une durée maximale (souvent proposée autour de 2 mois) doit être justifiée médicalement.

Ce changement impactera directement la gestion des absences longues et la planification RH :

• anticipation des besoins de remplacement
• suivi des renouvellements médicaux,
• dialogue renforcé avec les services de santé au travail.



À noter : ces plafonds devront encore être précisés par décret, mais dès aujourd’hui, il est important de sensibiliser les managers et de structurer le suivi des arrêts.

Une autre évolution majeure, déjà en place depuis 2024, continue de s’appliquer en 2026 : les périodes d’arrêt maladie génèrent des droits à congés payés.

• En cas d’arrêt pour maladie non professionnelle, le salarié acquiert désormais 2 jours ouvrables de congé par mois d’absence, dans la limite de 24 jours par période.
• En cas d’accident du travail ou de maladie professionnelle, l’acquisition reste de 2,5 jours par mois, sans plafond annuel.



Pour l’équipe paie, cela signifie une vigilance accrue sur le calcul des droits à congés, l’intégration de ces absences dans les périodes d’acquisition et, le cas échéant, la gestion des reports de congés non pris (jusqu’à 15 mois selon certaines jurisprudences et règles de report). 

Arrêt de la cours de cassation du 10/09/2025.

Mise à jour des paramétrages et des processus

• Vérifier que les logiciels de paie intègrent bien les plafonds des IJSS 2026 ;
• Ajuster les règles d’acquisition des congés payés en cas d’absence pour maladie ;
• Structurer des tableaux de bord pour suivre les arrêts et renouvellements.

Communication interne

• Informer les salariés de leurs droits (indemnités, acquisition de congés) ;
• Sensibiliser les managers à l’impact des absences sur l’organisation du travail.

Dialogue avec les instances représentatives

• Présenter les évolutions légales en comité social et économique (CSE) ;
• Mettre à jour les accords d’entreprise ou chartes internes si besoin.

Les évolutions liées aux arrêts maladie en 2026 ne bouleversent pas les fondements du régime d’indemnisation, mais elles renforcent l’encadrement des durées, clarifient les plafonds de calcul et confortent la règle d’acquisition des congés payés en cas d’absence. Pour les RH et la paie, ces changements appellent à une veille juridique active, une mise à jour des systèmes d’information RH, et une communication claire auprès des salariés et des managers.